Talleres en el Nacional de ese año cae derrotado ante Club Atlético Racing de Córdoba 5 a 3 por penales, y deja las ilusiones albiazules postergadas hasta el siguiente año, luego de empatar 2 a 2 y 0 a 0. En el Metro Talleres fue duodécimo, con 33 puntos, producto de 11 victorias, 11 empates y 14 derrotas. Pasaron 4 años y el club no consiguió clasificarse entre los mejores hasta el año de 1987, cuando logró el tercer lugar, por detrás de Millonarios y América, y el cuarto lugar en el año de 1988, por detrás de Nacional, Millonarios y América. 2003. En el Torneo Apertura 2004 culmina 13.º, y en el Torneo Finalización 2004 culmina 10.º, con chances de clasificar a los cuadrangulares hasta la última fecha. En el Torneo Apertura 2003 culminó en el puesto 16, mientras que en el Torneo Finalización 2003 apenas es 13.º, cerrando el año en la posición 15° en la reclasificación con 42 puntos. Además, terminó su carrera universitaria como el octavo jugador con más puntos (1.802) y más robos (178) en la historia de UCLA. Destaca una victoria como visitante por 7 a 2 frente a Quilmes, con 5 goles de Acosta, quien sería el goleador del certamen con 25 anotaciones.
Su siguiente rival fue el Bragantino de Brasil al que derrotó 1-0 como local y sacó un empate sin goles en el Estadio Marcelo Stéfani de Brasil. El siguiente equipo fue de más entidad, el Hajduk Split, campeón de la desaparecida Yugoslavia, un duro rival que logró un empate 0-0 en el Luis Casanova y en la vuelta al Valencia le costó sudor empatar 1-1 con un gol de Claramunt que clasificaba al equipo por el valor doble de los goles fuera de casa. Torneo Apertura 2002) como segundo en la tabla general del Torneo Apertura, cuando Santa Fe disputó el cupo a la final frente a Envigado F.C., Atlético Huila y Once Caldas en el cuadrangular B. Después de vencer como local al Huila y como visitante al Caldas, Santa Fe se jugó la clasificación a la final en Bogotá enfrentando a Envigado, en un choque que perdió 2:0. En su visita al equipo antioqueño logró reponerse y con gol de Luis Yanes lo venció 1-0 en los últimos minutos del partido. Fue justamente en el primer campeonato disputado bajo esta modalidad, más precisamente en el Apertura 2002 donde Santa Fe ocupa el segundo lugar detrás del Deportivo Cali en la serie de todos contra todos.
Obtuvo al final de esta fase su clasificación a semifinales como primero de su grupo con 13 puntos, uno más que el Caracas, que fue el segundo mejor clasificado del torneo, lo que le permitió enfrentarse de nuevo al “Expreso Rojo” en la penúltima fase de la copa. Santa Fe ocupa el segundo lugar en la fase regular con 74 puntos, 12 menos que el líder y posterior campeón América de Cali, finalmente en el cuadrangular final el equipo sería último, camiseta philadelphia 76ers con un total de 7 unidades. Fue entonces el 22 del mismo mes en el Estadio Nemesio Camacho El Campín donde se disputó el partido de vuelta de la final, camiseta philadelphia 76ers un encuentro cerrado y sin mucha claridad por parte los dos equipos; tanto así que fue solo en el minuto 59 del segundo tiempo se abrió el marcador por medio del delantero “escarlata” Jairo Catillo. El partido de ida de la final se disputó el 15 de diciembre de 1999 en el Estadio Pascual Guerrero de Cali; Santa Fe se fue abajo en el marcador en el minuto 12 de juego, luego de que Nilson Pérez empalmara de manera providencial un balón bajado en el área, pero finalmente el rojo capitalino resultó dándole vuelta al marcador cuando al partido apenas le quedaban 13 minutos para su conclusión: al minuto 77 fue David Hernández quien empató el juego para los de Bogotá, y seis minutos más tarde Luis Alberto Moreno le dio la victoria final a Santa Fe, e hizo soñar tanto a hinchas como jugadores con la primera consagración internacional del equipo tras el subcampeonato en la Copa Conmebol.
Copa Asoguayas jugada en la cancha sintética de Fedenador, quedándose de esta manera con el título de la tercera edición de la Copa Asoguayas. En el mismo debutaron dos de los valores más emblemáticos de la época, E. Alfredo Forrester (el futbolista que más tiempo de manera consecutivo estuvo en el club al jugar 18 años ininterrumpidos, y segundo en general detrás de Fabián Cubero, que recién en 2016 superó los 18 años en la primera del club) y el arquero Clelio Caucia. Con el correr de los años, fueron adquiriendo gran importancia los detalles tácticos durante el transcurso de los partidos, por lo que el club contrató al inglés Arthur Johnson como su primer entrenador para su perfeccionamiento -antiguo jugador del club y uno de los más experimentados con su reglamento y particularidades-. En semifinales le correspondió enfrentar al Vasco da Gama, con el que cayó por marcador de 2-1 como visitante en el Estadio Maracana, pero se impuso finalmente en el partido de vuelta por 1-0, e igualó el marcador global, lo que obligó a la definición desde los 12 pasos, en la que salió vencedor por marcador de 6-5. En la otra llave se impuso Lanús de Argentina, que había vencido a Rosario Central con un global de 6-1. El primer partido de la final se jugó en Buenos Aires, donde los locales ganaron por 2-0. Mientras que el partido de vuelta se disputó en el Estadio El Campín, donde Santa Fe apenas pudo ganar por 1-0, lo que dejó el marcador global en 2-1 a favor de Lanús y entregó el subcampeonato al conjunto bogotano.