Luego de ser operado de la lesión que afectó el tobillo y lo marginó de la Copa del Mundo, volvió a jugar un partido oficial por la Fiorentina en la tercera fecha de la Serie A frente al Atalanta en Bérgamo, el 21 de septiembre de 2014, en aquel encuentro asistió en el gol del triunfo a Kurtic, siendo elegido la figura del encuentro, tras esto formó parte del equipo ideal de la tercera fecha del Calcio, en la fecha siguiente solo participó de los últimos 5 minutos en el empate entre la Fiorentina y el Sassuolo 0-0, volvió a jugar los 90 minutos en la quinta fecha ante el Torino en el empate 1-1, en la sexta fecha nuevamente volvió a ser titular absoluto y jugó los 90 minutos ante el Inter de Milán en el triunfo 3 a 0 del conjunto Viola, Fernández fue el autor intelectual del segundo gol tras brillante acción personal, donde trianguló con Babacar y Juan Guillermo Cuadrado lo que terminó en el gol del colombiano, su gran actuación lo llevó a formar parte del equipo ideal de la sexta fecha, reafirmando así su repunte futbolístico en el Calcio, durante las siguientes fechas, se afianzó en la titularidad, siendo el enganche del equipo, guio a la «Fiore» en los triunfos ante el Hellas Verona (1-2), luego anotó su primer doblete en Italia al Cagliari (4-0) por la fecha 13 del Calcio, marcando primero de tiro libre y luego con un potente disparo raso, lo que le valió ser elegido el jugador del partido, en la fecha 14 ante la Juventus (0-0), nuevamente fue el mejor de la cancha y recibió nuevamente la distinción al jugador del encuentro, en la fecha 15 participó en los 4 goles de la Fiorentina con los que derrotó al Cesena (4-1) anotándose su undécima asistencia con la camiseta Viola y la segunda de la temporada, camiseta inter miami messi niño nuevamente Fernández fue distingido por los hinchas como el mejor de la jornada.
En el último partido, Chile empata a dos tantos con la selección charrúa; fue Matías el autor de los dos goles chilenos, el primero tras un pase de Nicolás Canales, el segundo de tiro libre. Chile llegó con altas expectativas a esta Copa Mundial Juvenil, las cuales aumentaron cuando el 11 de junio, la Rojita en su debut, goleó a Honduras por 7-0, con dobletes de Ricardo Parada y José Pedro Fuenzalida, y goles de Gonzalo Jara, Pedro Morales, y Matías Fernández para cerrar la goleada. El 25 de mayo de 2019 se consagra campeón de la Copa de Portugal tras empatar 2-2 con el Fútbol Club Oporto y vencerlo 4-3 en penales. El 4 de febrero es confirmada la llegada al Atlético Junior de la Categoría Primera A de Colombia por petición del técnico Luis Fernando Suárez, rompiendo así el mercado de fichajes en el fútbol colombiano. El 21 de diciembre de 2019 se confirmó su regreso al Colo-Colo de la Primera División de Chile para reforzar al club en la temporada 2020 luego de 13 años y un largo paso por Europa y Latinoamérica por petición del técnico Mario Salas. El 31 de agosto de 2016, en el último día de fichajes de Europa, Fernández es cedido a préstamo al AC Milan, por petición del técnico rossonero Vincenzo Montella, con quien además coincidió en el club toscano.
No sería hasta la fecha 29 donde anotó su primer gol con el Milan, en el triunfo por la mínima sobre el Genoa. El 27 de enero asistió a Juan Lorca, autor del solitario gol chileno en el empate 1 a 1 ante Argentina. El 29 de febrero de 2012 marcó de penal ante Ghana en la igualdad 1-1 justamente anotando el empate final al minuto 75 de partido en Estados Unidos, siendo elegido como figura del partido. Tres meses después, anotó un golazo contra Estonia al minuto 21′ marcando desde 30 metros el 1-0 parcial, en un encuentro amistoso que Chile ganó 4 a 0 en el Estadio Monumental, Matías salió al minuto 67′ por Luis Antonio Jiménez bajó una ovación del estadio. El 5 de marzo de 2014 ingresó al minuto 89′ de partido por Arturo Vidal en la derrota por 1-0 contra Alemania en un amistoso preparatorio de cara al Mundial de Brasil. Fue vital en el triunfo de la Fiorentina en el Artemio Franchi sobre el Bologna sirviendo el córner del triunfo y también en Coppa Italia donde asistió tras brillante acción personal a Borja Valero para vencer 1-0 al Juve Stabia. Además del gol, Matías asistió a José Pedro Fuenzalida en la segunda anotación chilena, e inició la acción del 3 a 2 definitivo.
La Rojita debutó en la fase final el 25 de enero ante el anfitrión, Colombia, perdiendo por 4 a 3. Pese a la derrota, Matías tuvo una destacada actuación: además de provocar el penal que acabó en el primer gol chileno, concretado por Fernando Meneses, marcó el segundo tras una carrera desde tres cuartos de cancha. Con un mejor equipo que el año anterior, Internacional volvió a ser soberano en la primera fase del Campeonato Brasileño de 1976, con 7 victorias y 1 derrota en 8 juegos, quedando en la primera posición. 1967: 4.º posición en la Zona A del Torneo Metropolitano. Al año siguiente, en 1967 se da la aparición de Miguel Nicolau, de posición marcador central, que se hizo presente en 142 partidos y convirtió 30 goles. La Rojita debutó el 16 de enero ante su similar charrúa, consiguiendo un empate sin goles. Milan ganó por 3-0 donde fue la figura del partido dando 2 asistencias para los goles de Gerard Deulofeu y de Gianluca Lapadula, camiseta inter de milan 2024/25 dándole la clasificación a su club a la UEFA Europa League luego de unos años sin jugar competiciones europeas. Por su parte, «El Balompié», como fue conocido el equipo hasta finales de los años veinte, se convirtió en el año 1910 en el primer vencedor de la Copa de Sevilla, condición que revalidó y ostentó hasta 1913, siendo uno de los equipos que más impulsó el fútbol en la región ya con su identificativo uniforme verdiblanco establecido en 1911 a semejanza de los colores de la que después sería la bandera andaluza con unos colores que definieron históricamente a la región.