Esta época es recordada como aquella que dio origen a la famosa arenga que ya se hizo un espacio dentro del mundo del fútbol y la cual vio nacer al apodo más conocido y famoso del elenco rojo: camiseta españa futbol «El papá». Al estadio Garcilaso de la Vega, lugar que en la actualidad es la sede para todos los eventos deportivos del elenco rojo y el cual ha marcado una pauta para una gran serie de encuentros importantes a lo largo de la larga historia del equipo incaico. Así el elenco rojo ya iba marcando la pauta y se iba preparando para las ligas mayores, por lo que en dicha década resaltaron grandes jugadores como los hermanos Castañeda mencionados anteriormente, Virrueta, Cuentas, Sócrates Silva, Lucho Centeno, Juan Arroyo, «Cheché» Vásquez, Olmer «cogollo» Zapata, «Wachi» Washinton Miranda, «Papu» Zúñiga, «Fato» Cornejo, «Chino» Luis Morales (era titular en Universitario, cuando Oblitas era suplente como puntero izquierdo), Enrique Araoz, “Kjuro” Delgado (perteneciente a la antigua familia Vargas del barrio Santa Ana en Cusco), Juvenal Anaya.
Los jugadores más emblemáticos en dicha época fueron Luis «Chuto» Barra, Tomás Varela, Leoncio «Cholo» Paz, Teodulfo Paliza, Carlos Ñaccha Pérez (el mejor de su época), Jorge Chacón «Maquisapa» arquero, Juan «Chiflas» Aguilar y el «negro» Oswaldo Rubio. Cienciano obtuvo hasta dicha época 28 títulos oficiales en la era amateur. Los jugadores más emblemáticos entre los 40 y 50 fueron Luis «Chuto» Barra, Tomás Varela, Leoncio «Cholo» Paz, Teodulfo Paliza, Carlos Ñaccha Pérez (el mejor de su época), Jorge Chacon «Maquisapa» arquero, Juan «Chiflas» Aguilar y el «negro» Oswaldo Rubio. Salvados de morir por asfixia en el viaje de 1977 cuando Cienciano viajaba a Moquegua para afrontar un partido por la Copa Perú como equipo recién descendido, cinco jugadores salvaron de morir milagrosamente, sucede que el cuadro rojo se trasladó en tres colectivos donde viajaban 19 jugadores, el DT y el masajista utilero médico Fernando Anto Agurto. Durante la década de los 60 a los 80 estos jugadores y otros hicieron grande el fútbol y a la institución y sobre todo al fútbol Cusqueño, estos jugadores formaron parte de uno de los mejores planteles de Cienciano.
En 1947, Cienciano se enfrentó por primera vez con un equipo foráneo. El equipo de Cienciano fue manejado por los profesores del colegio alma mater de Cienciano hasta mediados de la década del sesenta, cuando tras crearse la Copa Perú ingreso el fútbol en una mayor competitividad. En esa ocasión Cienciano lo conformaban Dante Fébres, Herbert Yépez, Edmundo Gamarra, Juan Tardío, Javier Buendía, Ovidio Larramendia, Arturo Olazabal, Oscar Alberto Zegarra Sáenz, Teodoro Alfaro, Lucho Cuba, Pablo Muchotrigo. En los 60 y 70 destacaron los hermanos Castañeda, Pepe, Nilo, Walter, Miguel y Humberto, Virrueta, Cuentas, Sócrates Silva, Lucho Centeno, Juan Arroyo, «Cheché» Vásquez, Olmer «cogollo» Zapata, «Wachi» Washinton Miranda, «Papu» Zúñiga, «Fato» Cornejo, «Chino» Luis Morales (era titular en Universitario, cuando Oblitas era suplente como puntero izquierdo), Enrique Araoz, “Kjuro” Delgado, Juvenal Anaya. En los 80 Arturo Olazabal, Lucho Cuba, Joselo Valenza, Joselo Carrion, Huambo, Héctor Berrios, Buendía, López, Bustamante, Espinoza, Paredes, Sosa, Carrion, Guerrero, Teodoro Alfaro, Ovidio, Larramendi, Bringas, Riega. El terremoto del año 1950 generó que parte del colegio Nacional de Ciencias y Artes se derrumbe, ocasionando que los estudiantes del colegio tengan que mudarse por dos años al colegio Inca Garcilaso de la Vega, de donde nace la rivalidad y a futuro el clásico cusqueño entre Cienciano y Deportivo Garcilaso.
Durante estos últimos años solo el Marino ha permanecido en categoría nacional y la rivalidad se ha extendido a otros conjuntos del sur de la isla como el Atlético Granadilla, la Unión Deportiva Las Zocas, el Club Deportivo Charco del Pino o el Club Deportivo San Isidro. De los cinco, uno se diferenció del resto, se trata de Nilo Castañeda Grau, uno de los más grandes ídolos del Cienciano en su era amateur y quien era conocido como un jugador rápido y hábil. Cienciano logró nuevamente demostrar su dominio en la Liga Departamental del Cusco, consiguiendo así campeonar en 1944, 1945 y 1948. Obteniendo 14 títulos en la Liga y 3 Copas Municipales en sus vitrinas, un total de 17 títulos oficiales. Cienciano logró imponerse como era costumbre en la Liga Departamental del Cusco, campeonando en 1952, 1954, 1955, 1956 y 1959, y así logrando 22 títulos oficiales en la era amateur. Traído como reemplazo del compañero delantero francés Nicolas Anelka, Henry fue inmediatamente reconvertido en un delantero por Wenger, una medida que tendría grandes recompensas en los años venideros.
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